Hijo de Annibale Zoilo, nació en 1584 o más probablemente en 1585, después de que la familia se hubiera instalado en Loreto (el acta oficial de tonsura, de octubre de 1599, lo define como «Romanus sive Lauretanus») . Las primeras noticias suyas aparecen en una carta de Annibale al cardenal Sirleto en septiembre de 1585. Del 21 de diciembre de 1597 a enero de 1599, y por tanto hasta que cambió su voz, cantó en el coro de S. Maria Maggiore; en julio del mismo año fue tonsurado.

Al menos desde abril de 1604 hasta finales de 1606 fue maestro di cappella en S. Maria della Consolazione. Desde 1610 hasta al menos enero de 1624 ocupó el mismo cargo en una capilla mucho más importante, la de S. Spirito en Sassia (para el resto del año faltan las listas de empleados, y el nombre de Zoilo ya no aparece cuando se reanudan en enero de 1625). En noviembre de 1610 organizó la "música extraordinaria" en la Archicofradía de la Doctrina Cristiana para la fiesta patronal de S. Martino alla Regola. En 1613 se encargó de la música de los viernes de Cuaresma para la Archicofradía de S. Maria dell'Orazione e Morte, remunerada con 60 escudos ofrecidos por el cardenal Odoardo Farnese. Entre 1619 y 1622 se le confió la música solemne del English College, y en diciembre de 1622 la de la fiesta patronal de St. Lucía en la Archicofradía del Gonfalone, con la devoción de las Cuarenta Horas y el Funeral General. En 1621 y 1622 proporcionó los músicos para la procesión del Corpus Christi en la iglesia teutónica de S. Maria dell'Anima, así como para la celebración de la dedicación de la misma iglesia en 1622.

Entre 1612 y 1614 trabajó también para el cardenal Scipione Gonzaga, y de 1617 a 1622 para Paolo Giordano II Orsini, duque de Bracciano, para quien continuó prestando servicios administrativos al menos hasta agosto de 1625. Ya en 1616 Iacopo Cicognini tenía el nombre de Zoilo. Mencionó al duque Orsini como posible protagonista de una rumoreada interpretación romana de su (perdido) “Adone” , música de Jacopo Peri, que sin embargo no tuvo lugar.
Probablemente murió en Roma no antes del 28 de mayo de 1626, fecha de su testamento.

De Cesare sólo se conoce un libro, sus primeros cinco madrigales, con el añadido de su bajo continuo a beneplacito (Venecia 1620), dedicado al duque Orsini. En la advertencia el autor declara que concibió los madrigales para voces solas sin instrumentos, pero que sin embargo añadió una parte opcional para bajo continuo «para ajustarse al uso de los tiempos»; para el paso de dos hubiera preferido proporcionar tablaturas, que sin embargo habrían sido demasiado difíciles de imprimir. El libro - que incluye, entre otras cosas, un soneto de Petrarca, uno de Iacopo Sannazaro y una canción de Maffio Venier tuvo éxito: se conoce una edición napolitana de 1627, clasificada como una "tercera impresión", y una "segunda impresión". » veneciana del año siguiente.

Media docena de motetes y salmos para dos a ocho voces y un madrigal a una sola voz aparecieron en colecciones romanas entre 1607 y 1629; un motete sobrevive en manuscrito. Al igual que su padre, Cesare era un músico muy estimado y solicitado en Roma, de excelente formación y, sin embargo, muy capaz de adaptarse a las tendencias del momento.